Diplômé de l’École des Beaux-Arts de Douai en 1984 et de l’École des Beaux-Arts d’Angoulême, il travaille dans l’atelier BD Sanzot, avec Mazan, Isabelle Dethan, Cécile Chicault. Depuis son plus jeune âge, il nourrit une fervente passion pour la bande dessinée. C’est pourquoi, après quelques années passées à travailler dans le dessin animé, il décide finalement de se lancer dans la BD.
Son premier ouvrage, Les Mangeurs de Cailloux, est sélectionné au festival d’Angoulême en 1998, dans la catégorie Coup de Cœur. Jean-Luc Loyer a une bonne connaissance de l’imaginaire enfantin grâce à ses fréquentes interventions pédagogiques en classe ou centre de loisirs.
Victor devient vite une série récompensée par les enfants puisque le second tome reçoit le Prix Jeune Public au festival BD Boum de Blois en 1999. En bande dessinée, Jean-Luc Loyer est tout particulièrement sensible à Jaccovitti. Ainsi, outre d’autres projets de bande dessinée, il réalise des travaux de communication, de publicité, de sculpture, ou encore d’illustration sur CD-Rom. Tout en continuant à narrer les aventures de Victor, Jean-Luc Loyer signe une nouvelle série aux éditions Delcourt : Madame La Lune. Destinée aussi aux petits, il laisse ici Nathalie Ferlut au dessin.
En 2019, il dessine, aux côtés de Xavier Bétaucourt au scénario, Sortir de Terre qui paraît aux éditions de la Gouttière.